Il Telethon (Television Marathon) è nato negli stati Uniti nel 1966, su iniziativa del famoso attore americano Jerry Lewis, con lo scopo di raccogliere fondi per avviare la ricerca sulla distrofia muscolare, una malattia piuttosto diffusa e dalle cause allora pressoché sconosciute. Il successo della trasmissione, sia in termini finanziari che di pubblico, ha spinto l'Associazione francese contro le Distrofie (AFM) a ripetere, con altrettanto successo, l'esperienza in Francia, a partire dal 1987. L'AFM ha concesso, nel 1990, la disponibilità del marchio Telethon per l'Italia ad un Comitato Promotore, presieduto da Susanna Agnelli, nato sotto l'egida della Unione Italiana Lotta alla Distrofia Muscolare (UILDM).

La prima maratona di solidarietà della televisione italiana, condotta sulle reti RAI, ha riscosso anch’essa grande consenso di pubblico. Nel febbraio 1991 è stato emesso il primo bando di concorso per finanziare progetti di ricerca sulle distrofie muscolari. Dal 1992 il Comitato Promotore Telethon, con una modifica al proprio statuto, ha aperto le porte alla ricerca su tutte le malattie genetiche di origine ereditaria. Nel 1995 è nata la Fondazione Telethon, come ente dedicato esclusivamente alla gestione delle iniziative di ricerca di Telethon, a cui viene destinato

L'80 per cento dei fondi raccolti. Sono stati creati quattro Istituti di ricerca Telethon: il TIGEM, l'Istituto che si occupa di genetica e medicina, l’HSR-TIGET che opera nel campo della terapia genetica, il Tecnothon, il laboratorio per la creazione di prototipi di ausili per disabili, e l’Istituto Telethon Dulbecco, per offrire opportunità di lavoro, favorendone anche il rientro dall’estero, a giovani ricercatori di eccellenza. Dal 6 maggio 1998, nel rispetto della legge 460/97 sul regime fiscale delle Onlus (organizzazioni non lucrative di utilità sociale), il Comitato Promotore Telethon ha cambiato il suo statuto, modificando la denominazione sociale in "Comitato Telethon Fondazione Onlus". Dal 1999 il Comitato Telethon Fondazione ONLUS è stato insignito dell’Alto Patronato del Presidente della Repubblica.